Trong suốt cuộc nội chiến giữa hai miền Nam-Bắc, phe phương Bắc đông hơn đã sử dụng ma thuật đen để biến ra những chiến binh có sức mạnh kinh khủng được gọi là chiến binh thần thánh. Giờ đây, chiến tranh đã kết thúc, những người mang sức mạnh ấy vẫn mang hình dạng quái vật, họ phải cố hoà hợp với xã hội thời bình, nếu không thì họ sẽ bị giết dưới tay thợ săn quái vật.
Hibino Kafka một thanh niên vốn bất mãn với việc làm tại công ty vệ sinh chịu trách nhiệm xử lí xác kaiju.
"Không ai biết câu chuyện về cô gái mà mọi người đều biết." Numazu là một thị trấn cảng tuyệt đẹp được bao quanh bởi núi và biển. Yohane, một cô gái đã phải vật lộn để hòa nhập với môi trường xung quanh từ khi còn nhỏ, dành cả ngày để trốn tránh mọi người trong thành phố.
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Một ngày nọ, Yamano Mitsuha rơi xuống vách đá và bị dịch chuyển đến một thế giới khác với trình độ văn minh ngang tầm của châu âu thời trung cổ. Tuy nhiên, Mitsuha biết rằng mình có thể du hành giữa hai thế giới thông qua trận chiến chết người với bầy sói và cô quyết định sống bằng cách đó