Câu chuyện xoay quanh Mameda, một cô gái tanuki có ước mơ trở thành con người và làm một nghệ nhân rakugo. Để thực hiện điều đó, cô quyết định trở thành người học việc của một nghệ sĩ rakugo có tên Bunko Dakokutei.
Thất đại ác nhân”, một nhóm chiến binh có tham vọng lật đổ vương quốc Britannia, được cho là đã bị tiêu diệt bởi các “hiệp sĩ thánh chiến” mặc dù vẫn còn 1 số người cho rằng họ vẫn còn sống. 10 năm sau, Các hiệp sĩ thánh chiến đã làm 1 cuộc đảo chính và khống chế đức vua, họ trở thành người cai trị độc tài mới của vương quốc. Elizabeth, con gái duy nhất của nhà vua, đã lên đường tìm “thất đại ác nhân” để nhờ họ tái chiếm lại vương quốc.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Ác quỷ Neuro luôn luôn thèm khát được ăn những bí ẩn. Ở địa ngục không thể nào thỏa mãn được cơn đói đó nên Neuro đã lên thế giới loài người nhằm tìm kiếm những bí ẩn.