Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Một tay otaku Nhật Bản, yêu thích máy móc đã qua đời trong một vụ tai nạn thương tâm. Linh hồn của anh đã đầu thai tại một thế giới khác, gọi là Ernesti Echevarria. Tuy đã có một cuộc sống mới nhưng Eru vẫn lưu giữ lại mọi kí ức, tính cách, sở thích của mình ở kiếp trước. Thế là anh chàng tận dụng mọi ưu thế của mình để thực hiện mục đích trở thành người điều khiển Silhouette Knight - Con robot khổng lồ tồn tại trong thế giới này.
Ở xứ Gamindustry nọ, có 4 nữ thần cai trị 4 vùng đất khác nhau Planeptune, Lastation, Lowee và Leanbox Ngày qua ngày, họ đánh nhau chí chóe để tranh giành đất đai, thị trấn, để có được Shares - Nguồn sức mạnh của họ Nhận thấy rằng cuộc chiếc này hại đối với quốc gia của mình còn hơn là lợi
Senagaki Isaku sẽ là một học sinh trung học năm nhất bắt đầu từ mùa xuân này. Ông của cô là bang chủ đệ Tam của băng nhóm Senagaki, một tổ chức yakuza, vì vậy cô rất sợ những người xung quanh.