Ichinomiya Shingo, một thanh niên 25 tuổi, độc thân, nhân viên của một công ty thương mại, đi ngủ trong lúc nghĩ về ngày hôm sau với những công việc bận rộn thường nhật. Tuy nhiên khoảnh khắc cậu thức dậy, xung quanh là một căn phòng lạ lẫm.
Đại gia tộc trừ tà diệt ma Tsuchimikado bước vào thời kì hoàng kim bậc nhất, danh tiếng vang xa khắp bốn bể dưới triều đại của Tsuchimikado Yako. Thế nhưng, tổ sư trừ tà Tsuchimikado Yakotrong trong một lần mắc sai lầm khiến cho phong ấn lối vào địa ngục bị phá vỡ, hàng vạn linh hồn ma quỷ trốn thoát và gây náo động khắp Tokyo. Kể từ đó, danh tiếng của gia tộc Tsuchimikado cũng tàn theo mây khói.
Sakurai Yuki là một cậu bé bí ẩn có năng lực đặc biệt. Khi còn bé, cậu đc mọi ngừơi phát hiện bị bỏ rơi ở gần 1 bụi cây và đc nhận nuôi bởi Viện mồ côi. Vì thế, Yuki tỏ vẻ độc lập và ko muốn là gánh nặng của bất cứ ai.Năng lực của cậu có thể giúp cậu biết đc cảm xúc của người mà cậu chạm vào. Và ko thể điều khiển khả năng của mình, cậu đã khiến nhiều người bị tổn thương trong quá khứ. Với những gánh nặng và khả năng ấy, Yuki sẽ xử trí ra sao khi một người đàn ông tự nhận là anh trai cậu xuất
Đây chính là một câu chuyện giả tưởng tập trung vào Keyar, một y sĩ chữa bệnh cho các đồng đội thám hiểm đi cùng và những y sĩ thì không thể nào tự mình có thể chiến đấu. Tuy nhiên, khi anh ta đạt được pháp lực cuối cùng và “chữa lành” vết thương thế giới. Anh đã quay trở về 4 năm trước để làm lại cuộc đời.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.