2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt.
Sự ra đời của công chúa và hoàng tử song sinh là báo hiệu cho sự diệt vong của vương quốc sẽ đến khi công chúa tròn 16 tuổi. 15 tuổi, để tránh định mệnh phải chết Pacifica phải trốn chạy sự truy đuổi của nhiều lực lượng khác nhau dưới sự bảo vệ của anh trai và chị gái nuôi. Liệu Pacifica có phải sử dụng sức mạnh thật sự của mình?
Nhân vật vật chính – Goro Mutsumi, là một người vô cùng xui xẻo, với công việc, chuyện học hành và đặc biệt là với phụ nữ và bạn gái. Đến một ngày, cậu gặp một bà bói thông báo cho cậu là sẽ có một cuộc gặp gỡ định mệnh và bà đưa cho cậu ta một cái điện thoại di động, với nó bà ta hứa rằng vận may sẽ đến với cậu.