Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.
Có một thành phố được ngăn cách với bên ngoài bởi biển. Nơi đây tập trung phần lớn các nhà thám hiểm và các thương nhân từ khắp mọi nơi trên thế giới về. Thành phố được xem như là kho báu có giá trị to lớn đối với thế giới. Câu chuyện diễn ra tại 1 tòa biệt thự nằm ven biển, thành viên trong đây được biết đến là tổ chức Oasis, gồm 1 chàng trai và ... cô gái
Câu chuyện xoay quanh Maria, nữ pháp sư quyền lực nhất tại thời điểm đang xảy ra “Cuộc chiến xuyên thế kỉ” giữa Anh và Pháp. Coi thường chiến tranh, nên cô đã quyết định dùng ma thuật tối thượng của mình để… phá đám. Sự can thiệp của Maria cùng với 2 tùy tùng của cô (Succubus Artemis và Incubus Priapos) làm cho Thiên Đàng để ý.
Mùa thứ 2 của anime Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden (TV). 2nd Season of Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden (TV).