Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Ren Nanahoshi là một sinh viên đại học cô đơn, không giỏi giao tiếp với người khác. Anh nhớ cảm giác hồi hộp khi xem một ban nhạc sống biểu diễn khi anh còn trẻ, và dành phần lớn thời gian để tìm kiếm bản sắc của chính mình. Một ngày nọ, khi hát karaoke một mình, hai cậu bé tên Yuuto và Wataru phát hiện ra khả năng ca hát của Ren.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Kazuma Kannagi bị coi là một kẻ vô dụng trong gia đình vì không thể lĩnh hội được Enjutsu, một khả năng điều khiển lửa. Sau khi thất bại trước Ayano Kannagi, một người cùng dòng họ trong buổi lễ chọn người thừa kế Enraiha, thanh kiếm được sử dụng bởi người đứng đầu gia đình, Kazuma đã bị đuổi đi. 4 năm sau đó, anh trở lại, giờ Kazuma đã lĩnh hội được Fūjutsu một khả năng có thể điều khiển gió. Không lâu sau khi trở về, anh đã gặp được Ayano và cậu em Ren, người cũng có năng khiếu bẩm sinh về