Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình. Thế nhưng vị dũng sĩ mang tên Shinku đó chỉ là một cậu học sinh cấp 2, chưa hề biết gì về những chuyện này.
Vào ngày cuối của năm học, Ichika Tachibana 14 tuổi tình cờ gặp một cô gái bước ra từ trong gương.
Một ngày nọ, 2 cánh cổng của thế giới tiên và thế giới quỷ mở ra kết nói với thế giới loài người; từ đó tiên, quỷ và người sống hòa hợp trong cùng một thế giới. Tsuchimi Rin một học sinh cấp 3 bình thường, đang sống những ngày tháng yên bình với cô bạn thuở nhỏ Kaede. Nhưng một ngày kia, một biến cố lớn bất ngờ xảy đến với cậu.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.