Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư, bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc.
Với tông màu chủ đạo gồm những sắc xanh, đỏ, trắng, Kagerou Project chủ yếu xoay quanh về câu chuyện của các thành viên trong Mekakushi Dan (Blindfold Gang - Hội Bịt Mắt =)) ), một băng mà hầu hết các thành viên đều có năng lực đặc biệt về “mắt”, ví dụ như “Che giấu mắt” - năng lực che dấu “sự tồn tại” của bản thân và những người xung quanh hay “Thu hút mắt” - năng lực thu hút sự chú ý của người khác,… Đặc biệt, mỗi khi sử dụng những năng lực này, đôi mắt của các thành viên đều chuyển sang màu
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.
Tập phim đặc biệt vẽ lên "một ngày đặc biệt như mọi khi" của Satoshi và Pikachu, cùng với một chàng trai kì lạ tên Haruto.
Aquarion Movie: Ippatsu Gyakuten Hen | Gekijouban Aquarion: Ippatsu Gyakuten Hen Tiếp tục câu chuyện của bộ TV serie Sousei no Aquarion;